IUSUR nace de la estrecha colaboración desarrollada en los últimos años por un grupo de profesores e investigadores de América Latina en el ámbito de la Educación Superior. Estos investigadores forman parte de Núcleos Interdisciplinarios de Investigación en Brasil y MERCOSUR, coordinaban programas de doctorado en Argentina, Bolivia, Paraguay y Uruguay; tenían experiencia en la gestión de políticas públicas para la educación superior y la integración regional; y con frecuencia compartían encuentros académicos en eventos relacionados con el ámbito de la Gestión Universitaria, la Educación Comparada, la Formación Docente, la Internacionalización y la Calidad de la Educación Superior.

De allí surgió la idea de desarrollar todo el potencial de esta red de profesores e investigadores, con la creación de un modelo innovador de instituición, pequeña, concentrada en el nivel del posgrado, con base en un cuerpo de doctores académicos e investigadores, centrándose en la internacionalización y la cooperación Sur-Sur en la educación superior, es decir orientado al desarrollo de la idea del Sur Global, también en este campo.

En enero de 2014, la Dra. Marialva Moog Pinto y el Dr. Enrique Martínez comienzan a distar un programa de Maestría en Educación Superior en la ciudad de Lubango, en la República Popular de Angola, orientando a la formación avanzada de docentes angoleños.
Surgen con el tiempo nuevas necesidades de docentes y de instituciones, en Angola, Brasil, Uruguay, entre otros, que hacen visible la necesidad de organizarse como un instituto universitario de postgrado.

En 2015 se constituye en Montevideo la fundación IUSUR y comienza sus actividades académicas, mientras se desarrollan los trámites para la autorización oficial del nuevo instituto.