A IUSUR nasceu da estreita colaboração desenvolvida nos últimos anos por um grupo de professores e pesquisadores latino-americanos no campo da Educação Superior. Estes pesquisadores fazem parte de Núcleos Interdisciplinares de Pesquisa no Brasil e no MERCOSUL; coordenaram programas de doutorado na Argentina, Bolívia, Paraguai e Uruguai; tiveram experiência na gestão de políticas públicas para o ensino superior e integração regional; e freqüentemente compartilharam reuniões acadêmicas em eventos relacionados com a área de Gestão Universitária, Educação Comparada, Formação de Professores, Internacionalização e Qualidade do Ensino Superior.

Isto deu origem à idéia de desenvolver todo o potencial desta rede de professores e pesquisadores, com a criação de um modelo inovador de instituição, pequena, concentrada em nível de pós-graduação, baseada em um corpo de médicos e pesquisadores acadêmicos, com foco na internacionalização e cooperação Sul-Sul no ensino superior, ou seja, orientada para o desenvolvimento da idéia do Sul Global, também neste campo.

Em janeiro de 2014, a Dra. Marialva Moog Pinto e o Dr. Enrique Martinez começaram a realizar um programa de Mestrado em Ensino Superior na cidade de Lubango, na República Popular de Angola, visando a formação avançada de professores angolanos.
Com o tempo, novas necessidades de professores e instituições surgem em Angola, Brasil, Uruguai, entre outros, o que torna visível a necessidade de se organizar como um instituto universitário de pós-graduação.

Em 2015, a Fundação IUSUR foi criada em Montevidéu e iniciou suas atividades acadêmicas, enquanto os procedimentos para a autorização oficial do novo instituto estavam sendo desenvolvidos.